Network analysis on the conformational change of c-Src tyrosine kinase employing molecular dynamics simulation
- Alternative Title
- 분자동역학 시뮬레이션을 이용한 c-Src 타이로신 인산화효소의 구조변화에 대한 네트워크 분석
- Abstract
- 비수용체형 타이로신 인산화효소의 하나인 Src family kinases (SFKs)는 세포의 신호전달 경로에 관여함으로써 세포의 성장, 분열, 이동 그리고 신진대사 등과 같은 다양한 생명활동에 있어 중요한 역할을 한다. 비활성 상태에서 활성 상태로의 구조 변화를 통해 SFKs는 세포의 신호전달을 통제한다. 우리는 SFKs를 구성하는 9가지 타이로신 인산화효소 (Src, Lck, Hck, Fyn, Blk, Lyn, Fgr, Yes, Frk) 중의 하나인 c-Src 타이로신 인산화효소를 대상으로 하여 연구를 진행하였다. c-Src 타이로신 인산화효소는 활성과 비활성 상태의 두 가지 안정된 구조를 가진다.
우리는 c-Src 타이로신 인산화효소의 비활성 상태 (PDB id : 2SRC)와 활성 상태 (PDB id : 2SRC)에서의 x-ray 구조를 선택하여 Targeted molecular dynamics (TMD) simulation 을 이용해 구조 변화 경로를 조사하고, 해당 경로에서 dynamical protein network 를 구성해 네트워크 분석을 하였다.
우리는 이 논문에서 c-Src 타이로신 인산화효소의 구조 변화 가능성이 있는 알로스테릭 경로와 해당 경로에서 c-Src 타이로신 인산화효소를 구성하는 아미노산 잔기 중 허브 (Hub) 역할을 하는 아미노산 잔기를 제안하였다.
- Issued Date
- 2017
- Awarded Date
- 2017. 2
- Type
- Dissertation
- Publisher
- 부경대학교 대학원
- Affiliation
- 부경대학교 대학원
- Department
- 대학원 물리학과
- Advisor
- 우상욱
- Table Of Contents
- 1 Introduction 1
1.1 Tyrosine kinase 1
1.2 Src Family Kinases (SFKs) 2
1.3 The domain organization and conformation of c-Src 3
1.4 The cancer and c-Src 7
2 Method 11
2.1 Molecular Dynamics Simulation 11
2.1.1 Force field 12
2.1.2 Molecular dynamics simulation and Ensemble 21
2.1.3 Verlet algorithm 25
2.1.4 Targeted Molecular Dynamics simulation 26
2.2 Dynamic Cross Correlation 29
2.3 Network Analysis 29
3 Results and Discussion 31
4 Conclusion 58
- Degree
- Master
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