Studies on re-identification, quantification, and control of Vibrio scophthalmi in olive flounder
- Alternative Title
- 양식 넙치 (Paralichthys olivaceus) 를 감염시키는 Vibrio scophthalmi 의 재동정, 정량 및 제어에 관한 연구
- Abstract
- Vibrio scophthalmi는 스페인의 건강한 터봇 Scophthalmus maximus 치어의 장에서 처음 분리되었다. 이 세균은 주로 넙치 및 터봇에서 기회 감염 병원체로 간주되고 있다. 한국에서 넙치 비브리오병의 주요 원인 종으로 보고되었으며 분리주에 따른 독성의 차이 및 본 세균의 감염 실험에서 75%에 달하는 누적폐사가 보고되었다. V. scophthalmi는 다른 Vibrio 속 종들과 생화학적 성상 및 16S rRNA 유전자 염기서열의 유사성으로 인하여 이들 종을 구분하는 것이 매우 어렵다. 이로 인하여, 매우 오랜 시간동안 V. scophthalmi는 V. ichthyoenteri로 동정되었다. rpoD, recA, mreB와 같은 유전자는 V. scophthalmi와 V. ichthyoenteri를 구별하기 위한 좋은 분자 마커로 보고되었다.
본 연구의 목적은 V. scophthalmi의 검출과 정량을 위한 분자생물학적 방법을 개발하고, 이와 더불어 본 병원체로 인한 질병을 제어할 수 있는 방법들을 확인하기 위함이다. 본 연구에서는 V. scophthalmi의 검출과 정량을 위하여 recA 유전자에 기초한 일반 PCR 및 Real time PCR 방법을 사용하였다. 또한 V. scophthalmi (n=62)에 대한 7개의 항생제에 대한 최소 억제 농도(minimum inhibitory concentrations, MICs)를 확인하였으며 각 항생제에 대한 역학적내성기준값을 구하기 위하여 normalized resistance interpretation(NRI) 방법을 이용하였다.
일반 PCR 및 real time PCR에서 병원체의 검출한계농도는 각각 1ng과 100fg(≈19×104 and 19 copies)이었다. Vibrio 속의 세균들을 포함한 어류 세균성 병원체 30종 이상을 검사한 결과 교차반응은 없었으며 이는 본 시험이 V. scophthalmi에 매우 특이적임을 나타냈다.
본 연구는 recA 유전자가 V. scophthalmi와 다른 유사 종들을 구분할 수 있는 좋은 분자 마커로 작용하는 것을 확인하였다. 본 연구에서 개발한 방법은 빠르고, 특이적이며, 민감한 분석법으로 본 병원체를 검출하기 위한 일상적인 진단 업무와 후속 연구에 매우 유용할 것으로 사료된다. 마지막으로 MICs와 역학적내성기준값 결과는 7개 중 3개의 항생제(Ceftiofur, Florfenicol, Trimethoprim)가 본 질병에 좋은 치료제로 작용할 수 있는 가능성을 나타냈다.
- Issued Date
- 2017
- Awarded Date
- 2017. 2
- Type
- Dissertation
- Publisher
- 부경대학교 대학원
- Alternative Author(s)
- 오스만, 이브라힘
- Affiliation
- pukyong national university
- Department
- 대학원 수산생명의학과
- Advisor
- 김도형
- Table Of Contents
- General Introduction 1
Chapter 1 3
1. Development of molecular approaches for detection and quantification of Vibrio scophthalmi 3
1.1. Introduction 4
1.2. Materials and Methods 5
1.2.1. Bacterial strains 5
1.2.2. DNA extraction, amplification and sequencing 7
1.2.3. Primers and probe design 7
1.2.4. Conventional PCR assay 11
1.2.5. Real time PCR assay 11
1.2.6. Specificity and sensitivity 12
1.2.7. Repeatability and reproducibility of the real time PCR assay 12
1.2.8. Detection of V. scophthalmi from inoculated tissue homogenates 13
1.2.9. Determining the copy number of V. scophthalmi genomic DNA 13
1.3. Results 14
1.3.1. Analytical specificity of detection 14
1.3.2. Analytical sensitivity of detection 14
1.3.3. Repeatability and reproducibility of the real time PCR assay 18
1.3.4. Detection of Vibrio scophthalmi in inoculated fish tissue homogenate 18
1.4. Discussion 21
Chapter 2 25
2. Generation of antibiograms for Vibrio scophthalmi using international standardized broth dilution method 25
2.1. Introduction 26
2.2. Material and Methods 27
2.2.1. Bacterial Strains and culture 27
2.2.2. Determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) 29
2.2.3. Quality control 29
2.2.4. Statistical analysis 30
2.3. Results 30
2.3.1. MICs and application of NRI analysis 30
2.3.2. Ceftiofur, Florfenicol, and Trimethoprim 34
2.3.3. Enrofloxacin, Flumequine, Oxolinic Acid, and Tetracycline 34
2.3.4. Estimation of Treatability 39
2.3.5. Multiple Drug Resistance 39
2.4. Discussion 42
References 45
Acknowledgements 52
- Degree
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