Applicability of diagnostic methods at different white spot syndrome virus infection levels
- Alternative Title
- 흰반점병(white spot disease)의 감염수준에 따른 다양한 진단법들의 적용
- Abstract
- 흰반점병(white spot diasease; WSD)은 1992년 대만에서 처음 보고된 이후로 현재까지도 전 세계적으로 양식 새우류에 대량 폐사를 유발하는 주요 병원체이다. 흰반점병의 원인 병원체인 흰반점바이러스(white spot syndrome virus; WSSV)는 급성 감염단계에서의 높은 병원성을 띄며, 주로 수인성 수평전파를 통해 질병이 확산되기 때문에 감염 초기단계에서의 진단 및 해수 내 바이러스의 검출은 질병 발생 및 확산 방지에 매우 중요한 요소이다.
본 연구에서는 다양한 WSSV감염수준에서 진단법들(2-step PCR, real-time PCR, alternative PCR, 및 상용화 POCT)의 적용 가능성을 확인하기 위하여, 각 진단법들의 95% 검출 한계 값(LOD95% value)를 분석하였으며, first-PCR, nested-PCR, real-time PCR, alternative PCR 및 상용화 POCT의 LOD95% value는 각각, 51.05 (95% CI, 33.67 – 116.46), 0.70 (95% CI, 0.43 – 1.86), 4.67 (95% CI, 3.41 – 9.77), 1.19(95% CI, 0.73 – 2.89), 그리고 79,434.65 (95% CI, 53,261.08 – 178,899.86) viral DNA copies/reactions으로 나타났다.
WSSV 감염 새우로부터 viral shedding rate를 조사하기 위해서 철 이온 응집법(iron flocculation method)을 적용하여 해수 중 바이러스를 농축하였다. 철 이온 응집 과정에서의 여과 필터 및 버퍼 조건에 따라 해수 중 WSSV농축 수율을 분석한 결과, poly carbon filter 및 ascorbate버퍼를 사용 시 해수 내 WSSV genome copy 농축 수율이 93.74% ± 7.44%로 가장 높은 것으로 나타났다.
흰다리새우에 대한 WSSV농도별 인위감염 실험을 통하여 WSSV 감염수준을 병리조직학적 특징(조직 내 inclusion body의 비율; G0-G4) 및 real-time PCR 상의 CT value를 바탕으로(negative result-heavy infection) 5단계로 분류하였다. Moderate infection (CT value: 24.83-29.33) 및 G2 (30-40%의 inclusion bodies 비율) 이상의 감염 수준에서 흰다리새우의 폐사가 발생하기 시작하였으며, 감염된 새우로부터의 바이러스 방출은 light infection 및 G1 수준에서도 나타나는 것으로 확인되었다. 더 나아가, 가장 낮은 LOD95% value를 보인 nested PCR에 대한 각 진단법들의 설정된 감염 수준에 따른 진단 민감도(diagnostic sensitivity; DSe) 및 진단 특이도(diagnostic specificity; DSp)를 분석하였으며, real-time PCR 및 alternative PCR의 경우 light infection 및 G1–G2의 감염수준에서 93.8% 이상의 진단 민감도(DSe)를 보였다. POCT의 경우 10분 내외의 신속한 검사시간 내에 severity 및 G2–G3이상의 감염수준에서 89.3%이상의 진단 민담도(DSe)를 보이며 현장 수준에서의 적용 가능성을 확인하였다. 본 연구의 결과를 바탕으로, 흰반점병의 감염 초기단계에서 기존 WOAH에서 권고하고 있는 2-step PCR 뿐만 아니라, nested PCR과 비교하여 93.8% 이상의 우수한 DSe를 보인 real-time PCR 및 alternative PCR의 활용성을 확인할 수 있었으며, 더 나아가 현장 수준에서는 PCR을 이용한 진단 뿐만 아니라, moderate infection 이상 단계에서 89.3%의 DSe를 보인 POCT kit를 통한 신속한 진단법의 활용성을 확인할 수 있었다.
급성 감염에서WSSV의 높은 병원성과, 후천 면역이 다소 덜 발달한 WSSV의 주된 숙주인 흰다리새우의 특성으로 인하여 감염 초기단계에서의 진단은 매우 중요한 실정이다. 본 연구에서는 WSSV에 감염된 흰다리새우의 병리조직학적 및 real-time PCR의 CT value를 바탕으로 감염 수준을 분류하였으며, 감염초기단계(G1-G2; light-moderate infection)에서의 real-time PCR 및 alternative PCR, 그리고 중감염 단계(G2-G4; moderate-serious infection)에서의 POCT kit를 활용한 신속한 WSSV검사는 양식환경에서의 WSD 로 인한 대량폐사 및 확산을 방지하는데 큰 도움이 될 수 있을 것으로 기대된다.
- Author(s)
- 김민재
- Issued Date
- 2023
- Awarded Date
- 2023-02
- Type
- Dissertation
- Publisher
- 부경대학교
- URI
- https://repository.pknu.ac.kr:8443/handle/2021.oak/32886
http://pknu.dcollection.net/common/orgView/200000669605
- Affiliation
- 부경대학교 대학원
- Department
- 대학원 수산생명의학과
- Advisor
- 김광일
- Table Of Contents
- I. Introduction 1
II. Materials and methods 4
1. Shrimp and virus 4
2. Determination of the limit of detection of diagnostic methods 6
2-1. Nucleic acid purification 6
2-2. Conventional PCR 7
2-3. Real-time PCR 8
2-4. Analysis of 95% of the limit of detection (LOD95%) value 10
3. Determined the optimal condition of iron flocculation to concentrate WSSV in seawater 12
3-1. Experimental conditions 12
3-2. Preparation of iron chloride solution and resuspension buffer 13
3-3. Comparison of WSSV genomic recovery yield by different experimental conditions 15
4. Pathogenicity of WSSV in whiteleg shrimp at different administered doses 18
4-1. Challenge test 18
4-2. Viral shedding ratio 19
4-3. Determination of WSSV infection levels in whiteleg shrimp 20
4-3-1. Analysis of odds ratio 20
4-3-2. Histopathological analysis 21
4-3-3. Application of the WSSV infection levels 22
5. Comparison of diagnostic methods at different WSSV infection levels of WSSV 26
III. Results 27
1. LOD95% value of diagnostic methods 27
2. Optimal condition of the iron flocculation to concentrate WSSV in seawater 30
3. Pathogenicity and viral shedding rate of WSSV-infected whiteleg shrimp 33
4. Odds ratio 36
5. Application of the WSSV infection levels 39
6. Diagnostic sensitivity and specificity of diagnostic methods at different infection levels 42
IV. Discussion 45
SUMMARY 53
REFERENCES 57
- Degree
- Master
-
Appears in Collections:
- 대학원 > 수산생명의학과
- Authorize & License
-
- Authorize공개
- Embargo2023-02-08
- Files in This Item:
-
Items in Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.