Development of Food Authenticity Markers Using a Chemometrics Approach
- Abstract
- 참돔(Pagrus major)은 대표적인 수산 단백질원으로서 한국, 일본, 중국 등지에서 오랫동안 소비되어 온 주요 양식 어종이다. 현재 우리나라에 유통되는 수입 참돔의 대부분(약 99%)은 일본산 양식 참돔이며, 이는 국내 수산물 시장의 상당 부분을 차지하고 있다. 그러나 최근 일본의 원자력 발전소 폐수 해양 방류 등의 해양 환경 오염 문제로 인해, 국내 소비자들 사이에서 수입 수산물에 대한 기피 현상이 증가하고 있다. 이에 따라 일부 시장에서는 원산지 미표기 또는 허위표시 등 수산물 원산지 위반 사례가 보고되고 있으며, 정부에서는 현장 단속을 강화하고 있으나 농축산물과 달리 수산물에 대한 과학적 원산지 판별 기법은 아직 부족한 실정이다. 본 연구는 참돔의 원산지에 따른 생물학적 차이를 이화학적 성분 분석과 대사체학 기반 분석을 통해 규명하고, 이를 바탕으로 참돔 원산지 판별법을 개발하고자 하였다. 우선, 한국산과 일본산 참돔의 성분 조성 차이를 비교하기 위해 지방산, 아미노산, 미네랄 조성을 분석하였다. 총 29 종의 지방산, 17 종의 구성 아미노산, 4 종의 미네랄을 분석하였으며, 계층적 군집 분석(HCA)과 직교 부분 최소 제곱 판별 분석(OPLS-DA)을 통해 지방산 조성에서 명확한 군집 차이를 확인하였다. 계절별 참돔을 분석한 결과, p-value 및 변수 중요도(VIP score)를 기준으로 상위 10 개의 지방산을 선별하였고, 이 중 리놀레산(linoleic acid)은 ROC curve 분석에서 높은 민감도와 특이도를 보여 바이오마커 후보로 제시되었다. 특히 리놀레산 함량이 총 지방산 대비 6.45%를 기준으로 한국산과 일본산 참돔을 효과적으로 구분할 수 있는 가능성이 확인되었다. 또한, CE-TOF/MS 기반의 비표적 대사체 분석을 통해 한국산과 일본산 양식 참돔 간의 생리학적 차이를 평가하였다. 총 233 개의 대사산물을 분석하였고, PCA와 HCA 분석을 통해 원산지에 따른 대사체 패턴의 차이를 확인하였다. 이 중 11 개의 대사산물이 유의한 차이를 보였으며, KEGG pathway 분석 결과 히스티딘 대사와 아르기닌 생합성과 밀접한 관련이 있음을 확인하였다. 이를 통해 대사체 기반의 원산지 판별 가능성을 제시하였다. 한국산과 일본산 양식 참돔의 대사체 데이터를 기반으로, 랜덤 포레스트(Random Forest, RF)를 활용한 바이오마커 발굴 전략을 제시하였다. 고차원 저샘플 대사체 데이터에서 발생 가능한 과적합 문제를 해결하기 위해, FDR 보정 p 값(<0.05)과 |log₂ fold change|(>2)를 기준으로 한 univariate 기반 feature selection 을 수행하였다. 차원 축소 후 구축된 RF 모델은 OOB 오류율이 5%에서 0%로 감소하고 변수 중요도(MDA)가 증가하여 모델의 안정성과 예측력을 향상시켰다. 통계적 유의성과 함께 효과 크기(Cohen's d)의 증가 및 bootstrap 기반 검증(p<0.001)을 통해 변수의 신뢰도가 강화되었으며, N, N-dimethylglycine, creatine, hypotaurin 은 생물학적 타당성까지 고려된 유망한 바이오마커로 확인되었다. 본 연구는 소규모 대사체 데이터에서 신뢰도 높은 바이오마커 탐색을 위한 차원 축소 기반 머신러닝 접근의 가능성을 제시하였다. 본 연구에서는 참돔의 원산지 판별을 위해 이화학적 분석과 대사체학 기반 접근법을 활용하여, 한국산과 일본산 참돔 간의 대사적 차이를 분석하고 원산지 판별을 위한 바이오마커를 발굴하였다. 이러한 통합 분석을 통해 참돔의 원산지를 구별할 수 있는 대사체 기반 바이오마커 개발의 가능성을 확인할 수 있었다. 하지만, 본 연구에 사용된 시료는 계절적, 지리적 범위가 제한적이었기 때문에, 제시된 원산지 판별 기법의 적용성은 제한될 수 있다. 참돔의 대사체는 양식 환경, 수온, 사료 등의 다양한 해양 환경 변수에 영향을 받을 수 있으므로, 향후 연구에서는 장기적이고 지속적인 샘플링과 모니터링을 통해 이러한 변수들을 반영한 대사적 변화 차이 탐색이 필요하다. 결론적으로, 본 연구는 수산물의 원산지를 판별하기 위한 새로운 접근법으로써 이화학 분석 및 대사체 정보를 통합하고, 이를 통계적 분석 기법과 결합하여 실질적인 판별력을 갖는 바이오마커를 발굴하는 전략을 제시할 수 있음을 시사한다.
- Author(s)
- 양준호
- Issued Date
- 2025
- Awarded Date
- 2025-08
- Type
- Dissertation
- Keyword
- Food authenticity, Red seabream, Metabolomics, Compositional analysis, Chemometrics,
- Publisher
- 국립부경대학교 대학원
- URI
- https://repository.pknu.ac.kr:8443/handle/2021.oak/34304
http://pknu.dcollection.net/common/orgView/200000901985
- Alternative Author(s)
- Junho Yang
- Affiliation
- 국립부경대학교 대학원
- Department
- 대학원 식품공학과
- Advisor
- Ji-Young Yang
- Table Of Contents
- Chapter 1 General Introduction 1
1.1. Background of red seabream (Pagrus major) 1
1.2. Fish origin labeling 6
1.3. Food authentication of the geographical origin 9
1.4. Compositional analysis 11
1.4.1. Amino acid analysis for nutritional profiling 11
1.4.2. Fatty acid analysis for origin differentiation 16
1.4.3. Mineral analysis reflecting geographical variability 18
1.5. Metabolomics for comprehensive discovery biomarker 22
1.6. Chemometrics approach for food authenticity 25
1.7. Objective of the thesis 27
Chapter 2 . Development of Biomarkers to Distinguish Different Origins of Red Seabreams (Pagrus major) from Korea and Japan by Fatty Acid, Amino Acid, and Mineral Profiling 29
2.1. Introduction 31
2.2. Materials and methods 33
2.2.1. Sample preparation for Korean and Japanese cultured red seabream 33
2.2.2. Fatty acid analysis for Korean and Japanese cultured red seabream 35
2.2.3. Amino acid analysis for Korean and Japanese cultured red seabream 36
2.2.4. Minerals analysis for Korean and Japanese cultured red seabream 37
2.2.5. Statistical analysis 38
2.3. Results and discussion 39
2.3.1. Differences in fatty acids, amino acids, and minerals profiling between Korean and Japanese red seabreams 40
2.3.2. Comparison of red seabream origin by fatty acid analysis of seasonal red seabream 46
2.3.3. Selection of candidate biomarker for discriminating different origins of red seabream 51
2.3.4. Identification of red seabream origin using linoleic acid analysis 59
2.4. Conclusion 62
Chapter 3 . Analysis of Metabolites of Red Seabream (Pagrus major) from Different Geographical Origins by Capillary Electrophoresis Time-of-Flight Mass Spectrometry 66
3.1. Introduction 68
3.2. Material and methods 71
3.2.1. Sample preparation for Korean and Japanese red seabream 71
3.2.2. Instrument condition of CE-TOF/MS. 73
3.2.3. Data processing for metabolite profiles 75
3.2.4. Statistical analysis 75
3.3. Results and discussion 76
3.3.1. Comparison of red seabreams from different regions by metabolite profiles 76
3.3.2. Identification of metabolic difference between Korean and Japanese red seabream 90
3.4. Conclusion 97
Chapter 4 . Machine Learning-Based Biomarker Discovery for Origin Discrimination of Cultured Red Seabream Using Metabolomics 99
4.1. Introduction 102
4.2. Materials and methods 104
4.2.1. Data preprocessing for metabolite profiles normalization 105
4.2.2. OPLS-DA modeling and overfitting assessment 105
4.2.3. Random forest classification modeling 106
4.2.4. Feature selection via statistical criteria 107
4.2.5. Biomarker validation using statistical analysis 107
4.3. Results and discussion 108
4.3.1. Evaluation of the OPLS-DA model to distinguish Korean and Japanese cultured red seabream 108
4.3.2. Classification performance of random forest using full CE-TOF/MS dataset from Korean and Japanese red seabream 111
4.3.3. Impact of feature selection on classification model stability from metabolic data of Korean and Japanese red seabream 114
4.3.4. Identification of candidate biomarkers to distinguish Korean and Japanese cultured red seabream 122
4.4. Conclusion 126
Summary 129
Acknowledgment 134
References 136
- Degree
- Doctor
-
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- 대학원 > 식품공학과
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- Embargo2025-08-22
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