PUKYONG

Hybrid striped bass로부터 분리한 piscidin 1의 구조와 항균활성간의 상관관계

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Abstract
Ⅴ. 요 약
Piscidin 1은 hybrid striped bass 유래의 22개의 잔기로 이루어진 amphipathic cationic α-helical 펩타이드이며, bacteria, virus, fungi 및 parasite에 강력한 활성을 나타낸다. 이러한 piscidin 1의 구조와 활성간의 상관관계 및 항균활성 메커니즘을 규명하기 위해 반복, 절단, 치환 등의 방법으로 piscidin 1 – 3를 포함하여 총 30종의 유도체를 합성하였다.
CD 스펙트럼을 이용한 2차 구조 예측에서 piscidin 1 – 3은 TES buffer 상태에서는 모두 random한 구조를 취하였으나, TFE 및 인공막 존재하에서는 모두 α-helix 구조를 취하였다. Dimer 펩타이드들은 α-helix 구조를 취하지 않고, α와 β구조가 혼합된 구조이거나 β 구조 또는 random한 구조를 취하는 것으로 나타났다. Piscidin 1의 N-말단 영역, 중간 영역 및 C-말단 영역의 fragment들은 random한 구조를 취하였으며, (1-18)-P1은 α-helix 구조를 취하였다. N-말단을 제거한 유도체 및 아미노산을 치환한 유도체들은 모두 buffer 이외의 조건에서 α-helix 구조를 취하였다.
항균활성에 있어서 (1-18)-P1은 최소한의 항균활성을 유지하였으나, (5-18)-P1, (5-18)-P1 및 (14-22)-P1은 항균활성을 상실하였다. N-말단을 순차적으로 제거한 유도체들의 경우에는 S. aureus에 대해서만 N-말단쪽 2번째 아미노산까지를 제거하였을 때 항균활성이 사라졌으나, 나머지 균주들에 대해서는 N-말단 4번째 잔기까지를 제거하였어도 항균활성을 유지하였다. 아미노산을 치환한 유도체들중 G8A-P1과 G8K-P1은 piscidin 1보다 활성이 증가 되었다. 특히 piscidin 1이 활성을 나타내지 않았던 E. tarda 및 V. anguillarium에 대해서도 활성을 나타내었다. 강력한 항균활성을 가지는 G8A-P1은 piscidin 1보다 높은 용혈활성을 나타내었으나, G8K-P1은 piscidin 1의 약 1/4정도의 용혈활성을 나타내었다.
Lipid titration 연구에서는 I16W-P1이 산성 및 중성 리포좀에서 가장 강한 상호작용을 하는 것으로 나타났으며, I10W-P1이 막과 가장 낮은 interaction을 하는 것으로 나타났다. Acrylamide를 이용한 Trp의 소광현상 실험에 의하면 인공막 존재하에서 Trp을 치환한 유도체들은 모두 인공막 속에 위치하고 있는 것으로 나타났으며, I16W-P1이 인공막의 가장 깊은 곳에 위치하며, I10W-P1은 막의 가장 바깥쪽에 위치하는 것으로 나타나 lipid titration 실험과 일치하는 결과를 나타내었다.
Bromine이 치환된 6,7-DBrPC, 9,10-DBrPC 및 11,12-DBrPC를 이용한 소광실험 결과 DPPC 리포좀에서 F6W-P1은 9,10-DBrPC, I10W-P1은 6,7-DBrPC, I16W-P1은 11,12-DBrPC 그리고 L19W-P1은 6,7-DBrPC에서 가장 강한 소광현상을 나타내었다.
이러한 결과를 종합한 결과, piscidin 1은 C-말단이 liposome의 inner layer 쪽으로 먼저 들어가 수직으로 세워져 존재한다는 것으로 나타났으며, 산성 지질의 경우에는 산성 지질의 negative charge와 piscidin 1의 hydrophilic region이 정전기적인 상호작용으로 결합한 후 piscidin 1의 hydrophobic region은 막의 소수성 부분으로 돌아들어가 막과 수평으로 배열되어 있는 구조를 예측할 수 있었다.
Author(s)
문호성
Issued Date
2012
Awarded Date
2012. 2
Type
Dissertation
Keyword
antimicrobial peptide piscidin
Publisher
부경대학교 대학원
URI
https://repository.pknu.ac.kr:8443/handle/2021.oak/8865
http://pknu.dcollection.net/jsp/common/DcLoOrgPer.jsp?sItemId=000001965873
Affiliation
부경대학교 생물공학과
Department
대학원 생물공학과
Advisor
박남규
Table Of Contents
Ⅰ. 서 론1

Ⅱ. 재료 및 방법14
2.1. 항균활성 측정 14
2.1.1. 액체 배지법14
2.1.2. URDA (Ultrasensitive Radial Diffusion Assay)법14
2.2. 용혈활성측정15
2.3. 리포좀의 제조15
2.4. CD spectra18
2.5. 형광물질의 유출실험18
2.6. Fluorescence spectra19
2.7. Quenching of Trp fluorescence 19
2.7.1. Acrylamide 21
2.7.2. DBrPC21

Ⅲ. 결 과24
3.1. Piscidin 유도체들의 design24
3.2. Piscidins 1, 2, 3 및 유도체들의 CD 스펙트럼27
3.2.1 Piscidins 1, 2 및 3의 CD 스펙트럼에 의한 2차구조 27
3.2.2. Dimer group의 CD 스펙트럼에 의한 2차구조29
3.2.3. Truncated peptide group의 CD 스펙트럼에 의한 2차구조35
3.2.4. Substitution peptide group의 CD 스펙트럼에 의한 2차구조36
3.2.5. Tryptophanyl substitution peptide group의 CD 스펙트럼에 의한 2차구조 37
3.3 Piscidins 1, 2, 3 및 유도체들의 항균활성38
3.3.1. 액체 배지법에 의한 항균활성38
3.3.1.1. Piscidins 1, 2, 3의 항균활성38
3.3.1.2. Dimer group의 항균활성40
3.3.1.3. Truncated peptide group의 항균활성40
3.3.1.4. Substitution peptide group의 항균활성41
3.3.1.5. Tryptophanyl substitution peptide group의 항균활성 41
3.3.2. 액체 배지법에 의한 항곰팡이활성41
3.3.2.1. Piscidins 1, 2, 3의 유도체들의 항곰팡이활성41
3.3.3. URDA에 의한 항균활성42
3.3.3.1. URDA에 의한 Piscidins 1, 2 및 3의 항균활성 42
3.3.3.2. URDA에 의한 Dimer의 항균활성 42
3.3.3.3. URDA에 의한 truncated peptide group의 항균활성 48
3.3.3.4. URDA에 의한 substitution peptide group의 항균활성)48
3.3.3.5. URDA에 의한 tryptophanyl substitution peptide group의 항균활성 49
3.4. Piscidin 1 및 유도체들의 용혈활성50
3.4.1. Dimer group의 용혈활성 50
3.4.2. Truncated peptide group의 용혈활성50
3.4.3. Substitution peptide group의 용혈활성55
3.4.4. Tryptophanyl substitution peptide group의 용혈활성 57
3.5. 리포좀 함유물의 유출실험 (Leakage experiment)57
3.5.1. EYPC 리포좀에 대한 유출활성57
3.5.1.1. Piscidins 1, 2, 3의 유출활성 57
3.5.1.2. Dimer group의 유출 활성 58
3.5.1.3. Truncated peptide group의 유출활성 58
3.5.1.4. Substitution peptide group의 유출활성58
3.5.1.5. Tryptophanyl substitution peptide group의 유출활성67
3.5.2. EYPC-EYPG (3:1) 리포좀에 대한 유출활성67
3.5.2.1. Piscidins 1, 2, 3의 유출활성 67
3.5.2.2. Dimer group의 유출활성68
3.5.2.3. Truncated peptide group의 유출활성68
3.5.2.4. Substitution peptide group의 유출활성68
3.5.2.5. Tryptophanyl substitution peptide group의 유출활성69
3.5.3. DPPC 리포좀에 대한 유출활성69
3.5.3.1. Piscidins1, 2, 3의 유출활성69
3.5.3.2. Dimer group의 유출활성70
3.5.3.3. Truncated peptide group의 유출활성70
3.5.3.4. Substitution peptide group70
3.5.3.5. Tryptophanyl substitution peptide group71
3.5.4. DPPC-DPPG (3:1) 리포좀에 대한 유출활성71
3.5.4.1. Piscidins 1, 2, 3의 유출활성71
3.5.4.2. Dimer group의 유출활성71
3.5.4.3. Truncated peptide group의 유출활성72
3.5.4.4. Substitution peptide group72
3.5.4.5. Tryptophanyl substitution peptide group72
3.6. Titration study73
3.6.1. DPPC를 이용한 titration73
3.6.2. DPPC-DPPG (3:1)를 이용한 titration74
3.7. Quenching74
3.7.1. Acrylamide를 이용한 quenching76
3.7.2. DBrPC를 이용한 quenching 79

Ⅳ. 토 론88

Ⅴ. 요 약109

Ⅵ. 참 고 문 헌111
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Doctor
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